El Programa de Magíster en Ciencias Agropecuarias, es un programa de carácter académico, orientado a crear conocimiento aplicado de alto nivel en las áreas de producción vegetal, pecuaria y acuícola, prioritariamente en los ecosistemas dedicados a la producción de alimentos. Su sello está dado por una sólida base científica, dirigida al manejo eficiente de los sistemas de producción agroalimentario, considerando las diferentes variables que para ello interactúan.
El programa busca que sus graduados/as aporten significativamente a la investigación científica-aplicada, además de encontrarse altamente capacitados para incorporarse a instituciones de carácter público y privado, para incrementar al desarrollo del sector agropecuario, en innovación de procesos productivos y en la diversificación de los métodos y sistemas de producción.
Este programa se encuentra articulado con el Doctorado en Ciencias Agropecuarias de la UC Temuco.