2018-2020. Censo y monitoreo de aves acuáticas en lago Lanalhue, provincia de Arauco, Región del Biobío. Programa de Recuperación de los Servicios Ambientales de los Ecosistemas de la Provincia de Arauco (PRELA), código BIP 30369744-0. FNDR, Ministerio del Medio Ambiente. Investigador Responsable
2018-2020. Modelo de riesgo y rescate de fauna silvestre a incendios forestales. Una aplicación piloto en la comuna de Hualqui, región del Biobío. Ministerio del Medio Ambiente. Co-investigador.
2018-2020. Libro Aves rapaces de Chile, segunda edición. Fondo nacional de fomento del libro y la lectura, línea de fomento a la industria, modalidad de apoyo a ediciones Folio 456345. Consejo Nacional de la Cultura y las Artes. Investigador Responsable.
2016-2018. Estudio de abundancia y factores de amenaza para la conservación del ñandú en la región de Aysén (ID: 608897-24-LP16) Ministerio del Medio Ambiente. Investigador Responsable.
2015. Programa de monitoreo para la comunidad de aves costeras en AMPC-MU Pitipalena-Añihue. Ministerio del Medio Ambiente ID 611136-4-LE15. Co-investigador.
2015. Control biológico de roedores mediante aves rapaces en el predio Huilma, región de Los Lagos. Forestal AnChile. Co-investigador
2005-2015. Guías de manejo para terrenos fiscales con alto valor en biodiversidad en las regiones de Antofagasta, Atacama, Araucanía, de los Ríos, Los Lagos, Aisén y Magallanes (oasis de Calama, Quebrada Los Leones, Villa las Araucarias, Ranquil, Quitaluto, Llancahue, cerro Illi, Cochamó, Chaitén, Candelario Mancilla, Campo de Hielo Sur y Cueva del Milodón) Ministerio de Bienes Nacionales. Investigador Responsable.
Muñoz-Pedreros A., J. Yáñez, H. V. Norambuena, A. Zúñiga. 2018. Diet, dietary selectivity and density of South American Grey Fox Lycalopex griseus in Central Chile. Integrative Zoology, Integrative Zoology. 13: 46-57. ISSN: 1749-4877
Muñoz-Pedreros A., M. González, F. Encina-Montoya & H. V. Norambuena 2018 Bird diversity in green areas in a city in southern Chile. Effect of vegetation strata and human disturbance. Avian Research. 9: 38. doi.org/10. 1186/s40657- 018-0130-9. ISSN: 2053-7166
Muñoz-Pedreros A., M. Guerrero & P. Möller 2018. Knowledge and perceptions of birds of prey among local inhabitants in Chile: implications for the biological control of rodent pests. Gayana 82(2). ISSN: 0717-6538
Jara M. & A. Muñoz-Pedreros 2018 Trophic ecology of the mountain lizard Liolaemus monticola (Müller and Hellmich, 1932), an endemic species of the central Andes of Chile. Australian Journal of Zoology 65(6) 372-378. doi.org/10. 1071/ZO17033. ISSN: 0004-959X
Norambuena H. V. & A. Muñoz-Pedreros 2017. Detection and vocalizations of three owl species (Strigiformes) in temperate rainforests of southern Chile. New Zealand Journal of Zoology 45(2): 121-135. ISSN: 1175-8821
Encina-Montoya F., R. Vega-Aguayo, O. Díaz, J. Nimptsch, A. Muñoz-Pedreros. 2017 Mazaella laminarioides and Sarcothalia crispata as possible bioindicators of heavy metal contamination in the marine coastal zone of Chile. Environmental Monitoring and Assessment 189: 584. https://doi.org/ 10.1007/s10661-017-6297-4. ISSN: 1573-2959
Muñoz-Pedreros A., J. Yáñez, C. Gil, H. V. Norambuenac & E. R. Carmona. 2016. Spatial differences in the diet of the Magellanic Horned Owl Bubo magellanicus (Gmelin, 1788) in central Chile. New Zealand Journal of Zoology, 44(1): 25-38. ISSN: 0301-4223
Muñoz-Pedreros A., C. Gil, J. Yáñez, J. R. Rau & P. Möller. 2016. Trophic ecology of two raptors and possible implications for the biological control of hantavirus reservoir in Chile. Wilson Journal of Ornithology 128(2): 391-403. ISSN: 1559-4491
Muñoz-Pedreros A., P. De Los Ríos-Escalante & P. Möller. 2015. Zooplankton of the Highland bogs of Putana, a desert wetland of the high Puna, northern Chile. Crustaceana 88 (10-11) 1235-1244. ISSN:1568-5403
Möller P. & A. Muñoz-Pedreros. 2014. Legal protection assessment of different inland wetlands in Chile. Revista Chilena de Historia Natural 87(23): 1-13 . ISSN: 0716-078X
Muñoz Pedreros A. & C. Merino. 2014. Diversity of aquatic bird species in a wetlands complex in southern Chile. Journal of Natural History, 48(23-24): 1.453-1.46. ISSN: 0022-2933
Muñoz-Pedreros A., P. de Los Ríos & P. Möller. 2013. Zooplankton in laguna Lejía, a high-altitude andean shallow lake of the puna in northern Chile Crustaceana 86 (13-14) 1634-1643. ISSN: 1568-5403
Norambuena H., S. Zamorano & A. Muñoz-Pedreros. 2013. Nesting of rufous-tailed hawk Buteo ventralis (Gould) in a rocky wall in southern Chile. Revista Brasileira de Ornitologia 21(2), 124-125. ISSN: 2178-7875
Carevic S., E. R. Carmona, A. Muñoz-Pedreros 2013 Seasonal diet of the burrowing owl Athene cunicularia Molina, 1782 (Strigidae) in a hyperarid ecosystem of the Atacama desert in northern Chile. Journal of Arid Environments 97: 237-241. ISSN: 0140-1963
Norambuena H. & Muñoz-Pedreros A. 2012. Diurnal activity of the Austral Pygmy Owl (Glaucidium nana) in southern Chile. Wilson Journal of Ornithology 124(3): 633-635. ISSN: 1559-4491
Muñoz Pedreros A., J. Moncada-Herrera & L. Gómez-Cea. 2012. Evaluación del paisaje en humedales del río Cruces, sitio Ramsar de Chile. Revista Chilena de Historia Natural 85: 73-88. ISSN: 0716-078X
Raimilla V., J. R. Rau & A. Muñoz-Pedreros. 2012. Estado de arte del conocimiento de las aves rapaces de Chile: situación actual y proyecciones futuras. Revista Chilena de Historia Natural 85: 469-480. ISSN: 0717-6317