Desde el año 2000, mediante el Decreto de Rectoría 59/00, se establecen criterios para quienes postulen al Fondo de Incentivo a la Productividad Académica en Investigación (FIPAI), reconociendo y/o estimulando económicamente a quienes logren publicaciones con indexación ISI o SciELO. A partir de ese año y hasta la fecha; debido al aumento de la productividad académica en investigación y a los nuevos estándares de medición a nivel nacional se han establecido nuevos criterios para la asignación de incentivos (Resolución VIP 10/18) que comprenden: (a) estímulos por artículos WOS; Scopus y SciELO y para libros o capítulos de libros de filiación institucional; (b) estímulos para proyectos de investigación; la Universidad reconoce con incentivo económico a los grupos de investigadores que adjudiquen proyectos financiados por las líneas FONDECYT, MILENIO, FONDEF, FONDAP-ANILLOS e Innova-Chile los cuales contemplen a la UC Temuco en calidad de responsable o asociada; (c) estímulos económicos por patentes de invención otorgadas con filiación UC Temuco y registro nacional o internacional. Adicionalmente, anualmente se destaca honoríficamente (d) el premio a la excelencia en investigación para aquellos investigadores de mayor productividad científica por cada Facultad.